В 1854 году вышло в свет роскошное издание «Древности Боспора Киммерийского». В предисловии авторы - начальник I Отделения Императорского Эрмитажа Флориан Жиль и хранитель классических древностей музея Лудольф Стефани сообщали: «Сочинение, которое мы издаём по высочайшему повелению… написано для людей светских и для учёных, с целью познакомить их с памятниками древнего искусства, вырытыми, по большей части в последние 25 лет, из курганов обеих сторон Босфора Киммерийского и, преимущественно, в окрестностях Пантикапея».

В середине XIX века Эрмитаж стал местом хранения и научного изучения археологических находок. В «Кабинете императрицы» были помещены 1500 золотых предметов. Среди них - сокровища кургана Куль-Оба, расположенного в некрополе столицы Боспорского царства Пантикапея. В их числе - сосуд из электрона с изображением скифов, золотая височная подвеска с воспроизведением головы фидиевской статуи Афины Парфенос, а также уникальные находки из Феодосии - филигранные серьги, ожерелья, подвески, кольца. В зале древностей Боспора Киммерийского хранились вазы, утварь из серебра и бронзы, оружие, нумизматика.

Случайное открытие при добыче камня в 1830 году кургана Куль-Оба с богатейшими погребениями, вещи из которых показали взаимопроникновение эллинского и скифского миров, произвело сенсацию. Если более ранние раскопки носили кладоискательский характер, то при изучении кургана Куль-Оба был применен научный подход. Служащий таможни, археолог-энтузиаст Поль Дюбрюкс составил отчет о раскопках, о погребенных в склепе, о находках и сделал планы.

Император Николай I увидел в раскопках источник поступления в Эрмитаж раритетов. Отныне Министерство Двора финансировало археологические исследования юга России. В числе находок Эрмитаж получал памятники из раскопок античных городов Северного Причерноморья: Пантикапея, Ольвии, Херсонеса, Нимфея, Феодосии, поселений на острове Березань.

В 1859 году в Эрмитаже была устроена выставка, а затем передача в музей хранившихся в Кунсткамере Сибирской коллекции Петра I и находок из раскопок 1763 года скифского Литого кургана генералом А.П.Мельгуновым. Сибирская коллекции Петра – около 250 предметов - самое раннее археологическое собрание России, отразившее культуру евразийских кочевников с VII в. до н.э. по II в. н.э. Согласно указам Петра I «все что зело старо и необыкновенно» покупать в казну, губернатор Сибири князь М.П.Гагарин отправлял сибирские находки в Петербург. В этих посылках прибыли шедевры собрания - бляха в виде свернувшейся пантеры, многочисленные поясные бляхи – сцены борьбы разных животных, гривны.

В том же 1859 году была создана Императорская Археологическая комиссия. Ей была поручена организация и финансирование раскопок, работ по изучению и публикации памятников древности.

По заданию комиссии в 1862-63 гг. археолог И.Е.Забелин раскопал самый грандиозный курган в причерноморских степях – Чертомлык. Он был ограблен еще в древности, но то, что уцелело, представляет исключительную ценность: множество разнообразных по сюжетам и формам золотых бляшек и богатое оружие. Всемирно известны серебряная с позолотой амфора, обкладка горита со сценами из мифа об Ахилле, золотая обкладка ножен меча со сценой битвы скифов и амазонок.

В 1864 году был найден Новочеркасский клад - погребение знатной сарматской женщины, вероятно, жрицы, обнаруженное при строительных работах в кургане Хохлач. В Эрмитаж поступили великолепные вещи полихромного стиля.

На рубеже XIX – XX вв. были совершены блестящие археологические открытия. В 1897 году старший член Археологической комиссии Н.И.Веселовский открыл на Северном Кавказе Майкопский курган – погребение вождя III тыс. до н.э. Из его раскопок в Прикубанье происходят шедевры Эрмитажа золотые накладки щита в виде оленя (курган у станицы Костромской) и пантеры (Келермесские курганы). В 1912-1917 гг. на левом берегу Днепра археолог исследовал курган Солоха – нетронутое скифское царское погребение, полное золотых украшений, оружия и других предметов, среди которых гребень с изображением сражающихся воинов и серебряная чаша со сценой охоты на рогатую львицу.